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我校姚新生團隊首次完成蝙蝠TR Loic-VDJC胚系基因注釋和TCR CDR3組庫特征分析等研究
2023-11-16 17:06 (閱讀:)

蝙蝠是唯一會飛行的哺乳動物,,約占哺乳動物種類的20%(僅次于嚙齒目),,含20科,1200多種,。蝙蝠因攜帶多種人畜共患病毒而無明顯疾病表現(xiàn)、長壽命,、腫瘤發(fā)生率低和代謝高的典型生物學特征,,在醫(yī)學以及生命科學領(lǐng)域受到越來越多的重視。

我校姚新生團隊基于馬鐵菊頭蝠,、蒼白矛吻蝠,、伏翼的TRB-VDJC胚系基因注釋,生成了蝙蝠TRB胚系基因參考數(shù)據(jù)庫,,初步構(gòu)建出用于分析不同種類蝙蝠TCR CDR3組庫,建立了初步試用于蝙蝠TRB-VDJC分析的MiXCR分析工具平臺,。通過杭州艾沐蒽公司完成的中菊頭蝠樣本制備,、5’RACE法進行TCR beta chain CDR3組庫的建庫、ImmuHub?技術(shù)平臺二代測序,,獲取原始的下機數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)已在公共平臺共享),,從VDJ的取用、CDR3區(qū)的長度和AA組成,、CDR3 motif,、CDR3的多樣性和克隆性、CDR3區(qū)核苷酸的插入和缺失等特征,,根據(jù)團隊多年在人和小鼠TCR CDR3組庫研究中的積累,,首次對比闡述了蝙蝠TRB CDR3組庫的基本特征,為開展蝙蝠T細胞抗病毒,、抗腫瘤的特異應答或耐受機制,,提供了全新的解決方案。

該研究采用IMGT-LIGMotif和12/23 RSS motif screen等工具和方法,,首次從胚系基因水平注釋出馬鐵菊頭蝠,、蒼白矛吻蝠、伏翼的TRB的VDJC基因和RSS序列:Rhinolophus ferrumequinum:29 TRBV,;15 TRBJ,;2 TRBD;2 TRBC,;Phyllostomus discolor:100 TRBV,;13 TRBJ;2 TRBD,;2 TRBC,;Pipistrellus pipistrellus:15TRBV;13 TRBJ;2 TRBD,;2 TRBC,。將3種蝙蝠TRB-VDJC基因,同目前已注釋的哺乳動物TRB基因座基因進行了同源性和差異比較(IMGT中完整TRB基因座注釋的哺乳動物: 牛,,駱駝,,狗,貓,,猩猩,,鼠,人,,猴,,雪貂,兔,,羊,,豬)。新增加的蝙蝠TRB VDJC胚系基因注釋,,使具有完整的哺乳動物TRB基因座物種數(shù)目由12種增加到13種,,為探討蝙蝠T細胞應答的特征以及從進化角度對比分析不同哺乳動物之間適應性免疫的進化提供了具體的對比的基因序列(VDJC和RSS 序列已全部公開共享)。

本項目獲得國家自然科學基金(31860257) 和貴州省高層次人才項目(No. [2018] 5637)的支持,,目前課題組開展的創(chuàng)新性工作,,為進一步開展蝙蝠的T細胞適應性免疫應答、蝙蝠和病毒的協(xié)同進化等研究提供了基礎(chǔ)和全新的方向,。(審核:一審李曉,、二審楊清玉、三審李均,,圖文:基礎(chǔ)醫(yī)學院)

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