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我校姚新生團隊首次完成蝙蝠TR Loic-VDJC胚系基因注釋和TCR CDR3組庫特征分析等研究
2023-11-16 17:06 (閱讀:)

蝙蝠是唯一會飛行的哺乳動物,約占哺乳動物種類的20%(僅次于嚙齒目),含20科,1200多種。蝙蝠因攜帶多種人畜共患病毒而無明顯疾病表現(xiàn)、長壽命、腫瘤發(fā)生率低和代謝高的典型生物學(xué)特征,在醫(yī)學(xué)以及生命科學(xué)領(lǐng)域受到越來越多的重視。

我校姚新生團隊基于馬鐵菊頭蝠、蒼白矛吻蝠、伏翼的TRB-VDJC胚系基因注釋,生成了蝙蝠TRB胚系基因參考數(shù)據(jù)庫,初步構(gòu)建出用于分析不同種類蝙蝠TCR CDR3組庫,建立了初步試用于蝙蝠TRB-VDJC分析的MiXCR分析工具平臺。通過杭州艾沐蒽公司完成的中菊頭蝠樣本制備、5’RACE法進行TCR beta chain CDR3組庫的建庫、ImmuHub?技術(shù)平臺二代測序,獲取原始的下機數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)已在公共平臺共享),從VDJ的取用、CDR3區(qū)的長度和AA組成、CDR3 motif、CDR3的多樣性和克隆性、CDR3區(qū)核苷酸的插入和缺失等特征,根據(jù)團隊多年在人和小鼠TCR CDR3組庫研究中的積累,首次對比闡述了蝙蝠TRB CDR3組庫的基本特征,為開展蝙蝠T細胞抗病毒、抗腫瘤的特異應(yīng)答或耐受機制,提供了全新的解決方案。

該研究采用IMGT-LIGMotif和12/23 RSS motif screen等工具和方法,首次從胚系基因水平注釋出馬鐵菊頭蝠、蒼白矛吻蝠、伏翼的TRB的VDJC基因和RSS序列:Rhinolophus ferrumequinum:29 TRBV;15 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC;Phyllostomus discolor:100 TRBV;13 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC;Pipistrellus pipistrellus:15TRBV;13 TRBJ;2 TRBD;2 TRBC。將3種蝙蝠TRB-VDJC基因,同目前已注釋的哺乳動物TRB基因座基因進行了同源性和差異比較(IMGT中完整TRB基因座注釋的哺乳動物: 牛,駱駝,狗,貓,猩猩,鼠,人,猴,雪貂,兔,羊,豬)。新增加的蝙蝠TRB VDJC胚系基因注釋,使具有完整的哺乳動物TRB基因座物種數(shù)目由12種增加到13種,為探討蝙蝠T細胞應(yīng)答的特征以及從進化角度對比分析不同哺乳動物之間適應(yīng)性免疫的進化提供了具體的對比的基因序列(VDJC和RSS 序列已全部公開共享)。

本項目獲得國家自然科學(xué)基金(31860257) 和貴州省高層次人才項目(No. [2018] 5637)的支持,目前課題組開展的創(chuàng)新性工作,為進一步開展蝙蝠的T細胞適應(yīng)性免疫應(yīng)答、蝙蝠和病毒的協(xié)同進化等研究提供了基礎(chǔ)和全新的方向。(審核:一審李曉、二審楊清玉、三審李均,圖文:基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院)

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